この制度を利用するかどうかは株主(投資家）の選択にゆだねられています。
ご利用になられる場合は、証券会社に顧客口座を開設し、株券をその証券会社を通じて機構へ預託します。
機構は、預託を受けた株券を機構名義に名義書換した上で一括して保管し、預託株券が売買された場合は機構が備える参加者（証券会社）口座及び証券会社が備える顧客口座の振替によって決済されます。
なお、預託した株券は、いつでも証券会社を通じて引き出すことができます。
ただし、単元未満株式については、引き出すことができません。

配当金の受取、株主割当による新株式の引受、株主総会の議決権等の権利は、機構からの通知に基づき作成する実質株主名簿によって、実質株主あてにご案内いたしますので、実質株主が直接行使することができます。
一般株主名簿の株主と実質株主とが同一人と認められるときは、名寄せを行いそれらの株式数を合算いたします。

株券等の保管振替制度をご利用される場合は、証券会社に顧客口座を開設し、実質株主票を株券とともに証券会社に提出していただく必要があります。このお届出により、決算期末、新株式の割当日など権利の確定日現在の実質株主が証券会社経由機構から名義書換代理人である中央三井信託銀行に通知されます。

実質株主からの届出には、源泉分離課税選択申告書、配当金振込指定書など直接名義書換代理人である中央三井信託銀行へご提出いただくものと、住所の変更届、改姓・改名届など顧客口座を開設された証券会社で届出に必要な手続をお取りいただくものがありますので、注意が必要です。
証券会社経由でご提出いただく書類としては、住所の変更届、改姓・改名届、氏名訂正届、商号変更届、組織変更届、代表者変更届などがあります。